Sultan 2. Murad döneminde yaptırılan Manisa Sarayı, 17. yüzyılın başına kadar "saray-ı şehzadegan (şehzade sarayı)" olarak kullanıldı.
Fatih Sultan Mehmed'in yanı sıra Kanuni Sultan Süleyman, 2. Selim, 3. Murad ve 3. Mehmed, şehzadelikleri döneminde burada ikamet etti.
Sultan 2. Murad da tahtı oğlu Fatih Sultan Mehmed'e bıraktığı dönemde Manisa Sarayı'nı kullandı.
Sultan 3. Mehmed döneminde şehzadelerin sancağa çıkma geleneğine son verilmesiyle işlevini yitiren saray, zamanla bazı yapılarını kaybetti.
Yunan işgali döneminde çıkan yangında tamamen yanan saraydan geriye sadece "Fatih Kulesi" kaldı.