Gruplarında ilk iki sırada yer alarak çeyrek finalde mücadele etme hakkını kazanan ekiplerin eşleşmeleri belli oldu.
İşte Ziraat Türkiye Kupası'ndaki çeyrek final eşleşmeleri:
Fenerbahçe-Bursaspor
Denizlispor-Manisaspor
Trabzonspor-İstanbul Büyükşehir Belediyesi
Galatasaray-Antalyaspor8 takımın mücadele edeceği çeyrek finalde ilk maçlar 3 Şubat 2010 Çarşamba, rövanşları ise 10 Şubat 2010 Çarşamba günü oynanacak. Yarı final ilk maçları 24 Mart 2010 Çarşamba, rövanş karşılaşmaları ise 14 Nisan 2010 Çarşamba tarihinde oynanacak.
2009-2010 sezonu Ziraat Türkiye Kupası Şampiyonu olacak takım ise 5 Mayıs 2010 tarihindeki final maçı ile belli olacak.