İlk yapım yılı tam bilinmese de 1667'de Eminzade Hacı Ağa ya da Ahmed Ağa tarafından yaptırıldığı değerlendirilen cami, tarihi Kemeraltı Çarşısı'nda bulunuyor.
Bugünkü halini, 19'uncu yüzyılda yaşanan büyük bir yangında harap olduktan sonra, aynı yüzyılın ikinci yarısında yapılan çalışmalarla alan ibadethane, kare bir mekan üzerine büyük bir kubbeyle etrafında dört kubbeden oluşan mimariye sahip. Tarihi caminin mihrabının da Selçuk ilçesinde bulunan ve Türk mimarlık tarihinin Anadolu Beylikleri dönemine ait en eski ve gösterişli eserlerinden olan İsa Bey Camisinden getirildiği belirtiliyor.
Seferihisar açıklarında 4 yıl önce meydana gelen depremde büyük hasar gören tarihi camide, Kültür ve Turizm Bakanlığı Vakıflar Bölge Müdürlüğünce restorasyon çalışmaları yapılıyor.