İklim krizi, biyolojik çeşitlilik kaybı ve insan faaliyetleri birçok türün devamlılığını tehlikeye sokarken, Uluslararası Doğayı Koruma Birliğine (IUCN) göre, bunlar arasında Afrika penguenleri de yer alıyor.
1956'ya gelindiğinde popülasyonu yaklaşık 300 bine düşen penguen türü, IUCN tarafından 1984'te "hassas türler", 2007'de ise "nesli tükenme tehdidi altındaki türler" listesine alındı.
İngiliz, Güney Afrikalı, Namibyalı ve Çinli bilim insanlarınca 2024'te kaleme alınan "Afrika Penguenleri Nesli Kritik Olarak Tehlikedeki Türler Arasında Sayılmalı" başlıklı makaleye göre, 20. yüzyılın başında türün popülasyonu 1,5 ila 3 milyon civarındaydı.
Türün hala üreyebilen kolonileri Güney Afrika ve Namibya'da varlığını sürdürürken, Angola ve Mozambik'te artık üreyemeyen, Kongo ve Gabon'da ise hem üreyemeyen hem de koloniden yoksun penguenler bulunuyor.
Makaleye göre, 1993'te yumurtlayan 44 bin 300 çift Afrika pengueni varken, bu rakam 2023'te 9 bin 900 çifte kadar düştü. Bu da türün popülasyonunun son üç nesilde yüzde 77,8 azaldığını gösteriyor.